Mértola se localiza en un lugar estratégico en un alto rocoso en la confluencia de la ribera de Oeiras con la margen izquierda del río Guadiana. No sólo es casi inexpugnable por casi todos lados, sino que desde allí se controla la travesía del Guadiana, constituyéndose en puerto fluvial y paso obligado de las comunicaciones terrestres de todo el Alentejo con el Algarve y el mar. De hecho, hasta el primer cuarto del siglo XX, las comunicaciones terrestres entre Lisboa y el Algarve se hacían casi exclusivamente por la carretera de Beja y Mértola, bajando después por el Guadiana hasta Castro Marim y, más recientemente, hasta Vila Real de Santo Antonio
Antecedentes
La primitiva ocupación humana de la región se remonta a la prehistoria. A raíz de la invasión de la ciudad de Tiro por Alejandro el Grande, en 318 a. C. los fenicios fundan «Myrtilis» con el significado de «Nueva Tiro».
En la época de la romanización la población conoció un gran desarrollo, constituyéndose en el centro de embarque y salida minero y agrícola del Bajo Alentejo. En este período, la población estaba rodeada por una muralla que corría paralela a la actual, pero con un perímetro urbano superior. La vía romana que conectaba con Beja atravesaba la muralla, desde el norte.
La primera referencia histórica a la población se encuentra en la «Crónica de los Suevos», del obispo Idacio, cuando narra un episodio ocurrido en 440, de cuya lectura se puede inferir la existencia de una fortificación in situ. Júlio César denominó la población como «Myrtilis Julia» (44 aC).
Conquistada y saqueada sucesivamente por suevos y visigodos, a partir del siglo VIII conoció la dominación musulmana, que la denominaron «Murtula» (corrupción de «Myrtilis»). Las defensas de la villa fueron reparadas entre 930 y 1031. Tras la caída del Califato de Córdoba (1031), Mértola se convirtió en un reino independiente -la Taifa de Mértola-, rápidamente conquistada por Al Mutamid, de la Taifa de Sevilla (1044) . Un siglo más tarde, bajo el gobierno de Ibn Qasi (1144-1151), se tornó nuevamente independiente (2ª Taifa de Mértola). A partir de este período la construcción del «ribat» en la torre del lado sur de la alcazaba. En este momento, es de admitir que han existido mejoras en el sistema militar, pues la excelencia de sus fortificaciones no pasó desapercibida al geógrafo Muhammad al-Idrisi.
En 1171, ya bajo el dominio del Califato Almohade, Abu Háfece, hermano del emir, mandó reparar y mejorar la fortaleza con una torre. En el último tercio del siglo XII, bajo el dominio almohade se repararon y construyeron paños de la cerca que envolvía la población, así como tuvo lugar la construcción (o reconstrucción) del conjunto del portón principal del castillo, con su torreón semicilíndrico (1184).
La época medieval
En la época de la conquista cristiana de la región, las fuerzas de Sancho II de Portugal (1223-1248) invadieron el sur, siguiendo las márgenes del río Guadiana, llegando a conquistar Mértola (en la margen derecha) y Ayamonte (a la izquierda) (1238) . Ambas fueron donadas a la Orden de Santiago, en la persona de su Gran Maestre, D. Paio Peres Correia (1239). La Orden, que ya tenía bajo su responsabilidad la defensa de otras plazas al sur del país (Alcácer do Sal, Aljustrel, Palmela y otras), hizo de Mértola su sede (Capítulo) en el reino de Portugal. En 1254 D. Paio Peres Correia otorgó carta de foral a la población. En este período es cuando se construye la torre del homenaje, cuyas obras concluyeron en 1292 bajo la dirección del maestro João Fernandes, de acuerdo con inscripción existente en la puerta de la citada torre. Esta torre, así como la alcazaba, fueron la residencia del alcaide hasta el siglo XVI.
En el reinado de Dinis de Portugal (1279-1325) la primitiva defensa fue reedificada, reconstruyendo la alcazaba con el aprovechamiento de partes más antiguas (portal, torre de la Carocha), y se empezó a construir la muralla de la villa, obras continuadas por sus sucesores, Alfonso IV de Portugal (1325-1357), Pedro I de Portugal (1357-1367) y Fernando I de Portugal (1367-1383).
En el reinado de Juan I de Portugal (1385-1433) se celebró el 2º Tratado de Monção (29 de noviembre de 1389), por cuyos términos se celebraban tregua por tres años con Juan I Castilla (1379-1390) y se hacía la restitución mutua de tierras conquistadas: Portugal cedía a Castilla Salvaterra de Miño y Tuy, y recibía de esta Mértola, Noudar y Olivenza, en el Alentejo, y Castelo Mejor, Castelo Mendo y Castelo Rodrigo, en el Ribacoa. En este reinado se realizaron obras de mejora en la alcazaba y en la cerca (1404).
Bajo el reinado de Juan II de Portugal (1481-1495), en la década de 1480 fue hecha la construcción de la casa del alcaide adosada a la Torre de Menaje, habiendo obliterado gran parte del adarve virado al noroeste.
Bajo el reinado de Manuel I de Portugal (1495-1521), la población y su castillo aparecen dibujados por Duarte de Armas en su «Libro de las Fortalezas» (c 1509).
Época moderna y contemporánea
Hasta el siglo XVIII el castillo integró la primera línea de defensa de la frontera. Pero a partir de los Descubrimientos perdió importancia militar y estratégica. En 1758, acusaba ruina y no disponía siquiera de guarnición militar.
A mediados del siglo XX, las ruinas del antiguo castillo fueron clasificadas como Monumento Nacional, habiendo sido realizadas obras de reparación. A raíz de la implantación de un proyecto de revitalización, Mértola en la actualidad es considerada una villa-museo con diferentes áreas de intervención e investigación, organizadas en tres núcleos, en exposición en la Torre de Menaje del castillo: el Núcleo Romano, el Núcleo Visigótico, que incluye una basílica cristiana, y el Núcleo Islámico, donde se puede ver una de las mejores colecciones portuguesas de arte islámico (cerámica, numismática y joyería).
El Castillo o Alcazaba
La Alcazaba o Castelo propiamente dicho, presenta planta cuadrangular, ligeramente trapezoidal, reforzada por torres en los vértices: la de homenaje en el ángulo de las murallas de la alcazaba, sobre la ladera más acentuada, presenta planta cuadrada, en el ángulo orientado al norte, saliente en relación a los paños de la muralla; dos del lado sur, de planta cuadrada; dos ladeando la puerta principal, al este, una de planta cuadrangular, la otra cuadrangular con remate circular. La entrada, volcada a la villa, era hecha por un pasillo en codo, con dos puertas. La puerta de la traición se rasga en la muralla hacia el noroeste, después de la torre de homenaje, protegida por barbacana. La muralla, envuelta en parte del circuito por adarve, es vertical, reforzada junto a la torre suroeste por ancho contrafuerte de varios pisos.
La torre de Homenaje se alza a c. de 30 m de altura, sobre alta base maciza, dividida internamente en dos pisos, con puerta en arco roto sobrepasada por la inscripción de 1292, que se abre para escalera recostada al paño sureste, y varias grietas, la del lado noroeste marcada por tres mata- perros. La torre está encallada por parapeto almenado con merlones prismáticos rematados por pirámides; la sala de armas en el primer piso, está cubierta por bóveda de cruce de ojivas de 8 paños, tenía chimenea y era iluminado por tres grietas; una escalera rasgada en el espesor de la pared sur conduce al piso superior, muy transformado, que deberá haber servido de residencia, aunque no queden vestigios de esa función.
La torre orientada al suroeste, denominada Carocha que, como su nombre indica, ha desempeñado funciones de prisión, constituye una masa cúbica con 4,70 m de lado, con acceso por escalera desde el adarve, cubierta por terraza y rasgada por puerta y ventana; en el interior, espacio cubierto por cúpula hemisférica sobre trompas.
La torre del vértice opuesto y las que bordean la puerta de entrada, presentan diferentes volúmenes: la de la izquierda prismática, la de la derecha semicilíndrica, no suben por encima de la muralla.
En la plaza de armas se abre la cisterna, cubierta por bóveda de cuna sobre tres arcos torales.
La Muralla
La muralla que rodeaba la población todavía permite vislumbrar su forma rectangular, alargada en el eje norte-sur, La muralla ronda los 5 m de ancho y presenta cerca de 1,5 km de extensión conservada, encerrando un área de más de 6 hectáreas.
Sus muros adaptados a la topografía del terreno tienen adosados a espacios irregulares torreones de planta cuadrada. Se conserva un tramo del lado norte, la mayor parte de la muralla que se extendía hacia el sur, a la Torre de la Carocha, y parte de la muralla orientada hacia el Guadiana. El lado este, que da al río, dispone de imponentes murallas con una coracha que baja hasta el río provista de una torre, de la que solo quedan restos, así como restos de plataformas artilleras, para controlar el tráfico fluvial contra posibles atacantes.
Tres puertas daban acceso al interior de la ciudad, la de la Misericordia sobre el Guadiana, que daba acceso al puerto, la desaparecida puerta de la Villa o de Beja, hacia el norte, y la puerta Falsa o del Buraco sobre la ribera del Oeiras
Igualmente, en los parapetos se abren numerosas aspilleras para fusilería, añadidas en el siglo XVII o XVIII.
Torre do Relógio
Construida a finales del siglo XVI, principio del siglo siguiente, sobre una de las torres de la muralla la Torre do Relogio de Mértola comenzó, probablemente, a funcionar en 1593, fecha inscrita en la campana. La escalera que lleva al muelle es de los años veinte del siglo pasado.
La Couraça (Coracha)
La muralla o torre de la Coracha, fue edificada en época romana como estructura defensiva, protegiendo el atraque de las embarcaciones, funcionando también como coracha, permitiendo el acceso al río para abastecimiento de agua. Sin embargo, la estructura fue sucesivamente confundida con un puente.
Quedan seis plataformas dispuestas en línea curvilínea con planta de cuadrangular, excepto el sexto, junto al lecho del río, ovalado, de mayores dimensiones y dispuesto longitudinalmente.
Los tres últimos tienen tallos ascendentes y son rasgados en la parte inferior por un túnel, con bóveda de cuna. En todos ellos es visible el arranque de las arcadas que los unían.
Antigua Mezquita / Iglesia Matriz
La mezquita data del siglo XII, aunque en su construcción incorpora elementos de construcciones anteriores, especialmente de época romana. Con la reconquista fue consagrada al culto cristiano manteniendo la estructura del antiguo templo musulmán. Sólo en el siglo XVI, debido al avanzado estado de degradación que el templo presentaba, se llevó a cabo un programa de obras que introdujo algunas transformaciones: la cubierta que es sustituida por un sistema de bóvedas nervadas y el empaque de algunas puertas; en el exterior, el estilo mudéjar alentejano, se refleja en los merlones y pináculos cónicos que adornan el templo. En la actualidad todavía se observan vestigios del antiguo templo musulmán como es el caso de cuatro puertas de arco en herradura (puestos a descubierto por las obras de la DGEMN en los años cincuenta del siglo XX) y el mirhab, elemento orientador de las oraciones musulmanas. El mirhab, aún en razonable estado de conservación, presenta una decoración tallada en yeso de arcos ciegos y pequeñas volutas cuya policromía ya desapareció. A finales de 2003, a comienzos de 2004, las intervenciones arqueológicas ponen al descubierto el sótano de la antigua sacristía, entintada en las obras de la DGEMN, cuyos objetos exhumados y estructura todavía están en estudio.
Está clasificada como monumento nacional desde 1910.
Torres, castillos y fortalezas 
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